ROMS
Loading...
Searching...
No Matches
ecosim_mod.h File Reference

Go to the source code of this file.

Modules

module  mod_biology
 

Functions/Subroutines

subroutine mod_biology::initialize_biology
 

Variables

integer, parameter mod_biology::nbands = 60
 
integer, parameter mod_biology::nbac = 1
 
integer, parameter mod_biology::ndom = 2
 
integer, parameter mod_biology::nfec = 2
 
integer, parameter mod_biology::nphy = 4
 
integer, parameter mod_biology::npig = 7
 
integer mod_biology::ndbands = NBands
 
integer, dimension(7, 7), parameter mod_biology::pig = reshape ( (/ 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 /), (/ 7, 7 /) )
 
integer, dimension(nphy), parameter mod_biology::phy = (/ 1, 2, 4, 5 /)
 
integer, dimension(:), allocatable mod_biology::idbio
 
integer, dimension(nbacmod_biology::ibacc
 
integer, dimension(nbacmod_biology::ibacn
 
integer, dimension(nbacmod_biology::ibacp
 
integer, dimension(nbacmod_biology::ibacf
 
integer, dimension(ndommod_biology::icdmc
 
integer, dimension(ndommod_biology::idomc
 
integer, dimension(ndommod_biology::idomn
 
integer, dimension(ndommod_biology::idomp
 
integer, dimension(nfecmod_biology::ifecc
 
integer, dimension(nfecmod_biology::ifecn
 
integer, dimension(nfecmod_biology::ifecp
 
integer, dimension(nfecmod_biology::ifecf
 
integer, dimension(nfecmod_biology::ifecs
 
integer, dimension(nphymod_biology::iphyc
 
integer, dimension(nphymod_biology::iphyn
 
integer, dimension(nphymod_biology::iphyp
 
integer, dimension(nphymod_biology::iphyf
 
integer, dimension(nphymod_biology::iphys
 
integer, dimension(nphy, npigmod_biology::ipigs
 
integer mod_biology::ino3_
 
integer mod_biology::inh4_
 
integer mod_biology::ipo4_
 
integer mod_biology::ifeo_
 
integer mod_biology::isio_
 
integer mod_biology::idic_
 
integer mod_biology::firstpig
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::dia_light
 
integer, dimension(:), allocatable mod_biology::idbio3
 
integer mod_biology::idspir = 1
 
integer, dimension(:), allocatable mod_biology::idbio4
 
integer mod_biology::iddirr = 1
 
integer mod_biology::idsirr = 2
 
integer mod_biology::idlatt = 3
 
integer mod_biology::idaphy = 4
 
integer mod_biology::idadet = 5
 
integer mod_biology::idacdc = 6
 
integer mod_biology::idacos = 7
 
integer mod_biology::idbphy = 8
 
integer mod_biology::idsphy = 9
 
integer mod_biology::idbtot = 10
 
integer mod_biology::idstot = 11
 
character(len=16), dimension(nbacmod_biology::bacname
 
character(len=11), dimension(ndommod_biology::domname
 
character(len=13), dimension(nfecmod_biology::fecname
 
character(len=21), dimension(nphymod_biology::phyname
 
character(len=39), dimension(7) mod_biology::pigname = (/ 'chlorophyll-a ', 'chlorophyll-b ', 'chlorophyll-c ', 'photosynthetic carotenoids ', 'photoprotective carotenoids ', 'low urobilin phycoeurythin carotenoids ', 'high urobilin phycoeurythin carotenoids' /)
 
integer, dimension(:), allocatable mod_biology::bioiter
 
logical, dimension(:), allocatable mod_biology::rtuvr_flag
 
logical, dimension(:), allocatable mod_biology::nfix_flag
 
logical, dimension(:), allocatable mod_biology::regen_flag
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsno3
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsnh4
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hssio
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hspo4
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsfe
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::gtalg_max
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::phytbase
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::phytfac
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::bet_
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::maxc2nalg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::minc2nalg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2nalgminabs
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::maxc2sialg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::minc2sialg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2sialgminabs
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::maxc2palg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::minc2palg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2palgminabs
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::maxc2fealg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::minc2fealg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2fealgminabs
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::qu_yld
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::e0_comp
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::e0_inhib
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::inhib_fac
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2chl_max
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxc2cl
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_c2cl
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxc2cn
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_c2cn
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxpaceff
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_paceff
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxchlb
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_chlb
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxchlc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_chlc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxpsc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_psc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxppc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_ppc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxlpub
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_lpub
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::mxhpub
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::b_hpub
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::fecdoc
 
real(r8), dimension(:,:,:), allocatable mod_biology::fecpel
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::feccyc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::exalg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::ws
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsgrz
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::minrefuge
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::refugedep
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::norm_vol
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::norm_surf
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsdop
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2palkphos
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsdon
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::c2nnupdon
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsdoc_ba
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::gtbac_max
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::bactbase
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::bactfac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::c2nbac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::c2pbac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::c2febac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::bacdoc
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::bacpel
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::baccyc
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::exbac_c
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::exbacc2n
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::bac_ceff
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::rtnit
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::hsnit
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::cdocfrac_c
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::rtuvr_dic
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::rtuvr_doc
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::wf
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regtbase
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regtfac
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regcr
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regnr
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regsr
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regpr
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::regfr
 
real(r8), parameter mod_biology::dlam = 5.0_r8
 
real(r8), parameter mod_biology::small = 1.0e-6_r8
 
real(r8), parameter mod_biology::vsmall = 1.0e-14_r8
 
real(r8), parameter mod_biology::larger = 1.0e+10_r8
 
real(r8), parameter mod_biology::vlarge = 1.0e+50_r8
 
integer, parameter mod_biology::ilab =1
 
integer, parameter mod_biology::irct =2
 
integer, parameter mod_biology::ichl =1
 
integer, parameter mod_biology::isfc =1
 
integer, parameter mod_biology::iffc =2
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::imaxc2nalg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::imaxc2sialg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::imaxc2palg
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::imaxc2fealg
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::n2cbac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::p2cbac
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::fe2cbac
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsnh4_ba
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hspo4_ba
 
real(r8), dimension(:,:), allocatable mod_biology::hsfe_ba
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::r_exbac_c
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::exbac_n
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::frac_exbac_n
 
real(r8), dimension(:), allocatable mod_biology::i_bac_ceff
 
real(r8), dimension(nbandsmod_biology::wavedp
 
real(r8), dimension(ndommod_biology::adoc410
 
real(r8), dimension(ndommod_biology::adoc300