Ocean Modeling Discussion

ROMS/TOMS

Search for:
It is currently Tue Jun 18, 2019 11:49 pm




Post new topic Reply to topic  [ 3 posts ] 

All times are UTC

Author Message
PostPosted: Tue Jan 02, 2018 3:06 am 
Offline

Joined: Thu May 04, 2017 1:31 pm
Posts: 20
Location: south china sea institute of oceanography
error while reading variable: wind_time at TIME index = 0
After I update the ROMS code, I got error inforamtion as belows:
Code:
 Found Error: **   Line: 2240     Source: ROMS/Modules/mod_netcdf.F, netcdf_get_fvar

 NETCDF_GET_FVAR_0D - error while reading variable:  wind_time
                      in input file:  data/roms_frc.nc
                      call from:  ROMS/Utility/get_cycle.F
 Found Error: 02   Line: 195      Source: ROMS/Utility/get_2dfld.F

 GET_2DFLD   - error while reading variable: wind_time   at TIME index =       0
 Found Error: 02   Line: 134      Source: ROMS/Nonlinear/get_data.F
 Found Error: 02   Line: 767      Source: ROMS/Nonlinear/initial.F
 Found Error: 02   Line: 188      Source: ROMS/Drivers/nl_ocean.h



my wind time is
Code:
wind_time has the following dimensions (input order):
 
           1) wind_time = 12
 
wind_time loaded into an array of size:  [12   1]

    15    45    75   105   135   165   195   225   255   285   315   345


cycle_length = 360

my frc files are:

Code:
Source:
           D:\work\ROMS\TMPWORK\R18_Uwnd_v4\roms_frc.nc
Format:
           64bit
Global Attributes:
           title          = 'bio model'
           date           = '28-Dec-2017'
           type           = 'ROMS forcing file'
           grd_file       = 'D:\work\ROMS\TMPWORK\R18_Uwnd_v4\roms_grd.nc'
           start_tide_mjd = 51544
           components     = 'M2 S2 N2 K2 K1 O1 P1 Q1 Mf Mm '
Dimensions:
           xi_u        = 200
           eta_u       = 210
           xi_v        = 201
           eta_v       = 209
           xi_rho      = 201
           eta_rho     = 210
           xi_psi      = 200
           eta_psi     = 209
           sms_time    = 12
           shf_time    = 12
           lhf_time    = 12
           swf_time    = 12
           sst_time    = 12
           srf_time    = 12
           lrf_time    = 12
           sss_time    = 12
           wind_time   = 12
           frc_time    = 12
           pair_time   = 12
           tair_time   = 12
           qair_time   = 12
           tide_period = 10
Variables:
    pair_time 
           Size:       12x1
           Dimensions: pair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'Monthly Long Term Mean of Surface Pressure time'
                       units        = 'days since 1800-01-01 00:00:0.0'
                       cycle_length = 360
                       climo_period = '1981/01/01 - 2010/12/31'
                       actual_range = '[-657073 -656739]'
    tair_time 
           Size:       12x1
           Dimensions: tair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'Monthly Long Term Mean of Surface Pressure time'
                       units        = 'days since 1800-01-01 00:00:0.0'
                       cycle_length = 360
                       climo_period = '1981/01/01 - 2010/12/31'
                       actual_range = '[-657073 -656739]'
    qair_time 
           Size:       12x1
           Dimensions: qair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'Monthly Long Term Mean of Surface Pressure time'
                       units        = 'days since 1800-01-01 00:00:0.0'
                       cycle_length = 360
                       climo_period = '1981/01/01 - 2010/12/31'
                       actual_range = '[-657073 -656739]'
    frc_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: frc_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'surface momentum stress time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    sms_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: sms_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'surface momentum stress time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    wind_time 
           Size:       12x1
           Dimensions: wind_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'surface momentum stress time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    shf_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: shf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'surface heat flux time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    lhf_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: lhf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'net latent heat flux time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    swf_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: swf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'surface freshwater flux time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    sst_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: sst_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'sea surface temperature time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    sss_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: sss_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'sea surface salinity time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    lrf_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: lrf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'solar longwave radiation time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    srf_time   
           Size:       12x1
           Dimensions: srf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name    = 'solar shortwave radiation time'
                       units        = 'days'
                       cycle_length = 360
    sustr     
           Size:       200x210x12
           Dimensions: xi_u,eta_u,frc_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface u-momentum stress'
                       units     = 'Newton meter-2'
    svstr     
           Size:       201x209x12
           Dimensions: xi_v,eta_v,frc_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface v-momentum stress'
                       units     = 'Newton meter-2'
    Uwind     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,wind_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface u-wind component'
                       units     = 'meter second-1'
                       time      = 'wind_time'
    Vwind     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,wind_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface v-wind component'
                       units     = 'meter second-1'
                       time      = 'wind_time'
    shflux     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,shf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface net heat flux'
                       units     = 'Watts meter-2'
                       time      = 'shf_time'
    swflux     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,swf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface freshwater flux (E-P)'
                       units     = 'centimeter day-1'
                       positive  = 'net evaporation'
                       negative  = 'net precipitation'
                       time      = 'swf_time'
    SST       
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,sst_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'sea surface temperature'
                       units     = 'Celsius'
                       time      = 'sst_time'
    SSS       
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,sss_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'sea surface salinity'
                       units     = 'PSU'
                       time      = 'sss_time'
    dQdSST     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,sst_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface net heat flux sensitivity to SST'
                       units     = 'Watts meter-2 Celsius-1'
                       time      = 'sst_time'
    swrad     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,srf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'solar shortwave radiation'
                       units     = 'Watts meter-2'
                       time      = 'srf_time'
                       positive  = 'downward flux, heating'
                       negative  = 'upward flux, cooling'
    lwrad     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,lrf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'net longwave radiation flux'
                       units     = 'Watts meter-2'
                       time      = 'lrf_time'
                       positive  = 'downward flux, heating'
                       negative  = 'upward flux, cooling'
    latent     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,lhf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'net latent heat flux'
                       units     = 'Watts meter-2'
                       time      = 'lhf_time'
    sensible   
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,shf_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'net sensible heat flux'
                       units     = 'Watts meter-2'
                       time      = 'shf_time'
    Pair       
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,pair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface air pressure'
                       units     = 'millibar'
                       time      = 'pair_time'
    Tair       
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface air temperature'
                       units     = 'Celsius'
                       time      = 'tair_time'
    Qair       
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,qair_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'surface air relative humidity'
                       units     = 'percentage'
                       time      = 'qair_time'
    cloud     
           Size:       201x210x12
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,frc_time
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'cloud fraction'
                       units     = 'nondimensional'
                       time      = 'frc_time'
    tide_period
           Size:       10x1
           Dimensions: tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tide angular period'
                       units     = 'Hours'
    tide_Ephase
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal elevation phase angle'
                       units     = 'Degrees'
    tide_Eamp 
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal elevation amplitude'
                       units     = 'Meter'
    tide_Cmin 
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal current ellipse semi-minor axis'
                       units     = 'Meter second-1'
    tide_Cmax 
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal current, ellipse semi-major axis'
                       units     = 'Meter second-1'
    tide_Cangle
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal current inclination angle'
                       units     = 'Degrees between semi-major axis and East'
    tide_Cphase
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal current phase angle'
                       units     = 'Degrees'
    tide_Pamp 
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal potential amplitude'
                       units     = 'Meter'
    tide_Pphase
           Size:       201x210x10
           Dimensions: xi_rho,eta_rho,tide_period
           Datatype:   double
           Attributes:
                       long_name = 'Tidal potential phase angle'
                       units     = 'Degrees'


the force file worked well before. I did not change the forcing file. but I compiled the code by using the updated ROMS codes.
and, i also change the cpp (the test example in bio_toy)
Code:
 BIO_TOY_GEO         The SCS Operational Forecasting System , 1/30 degree resolution
 ANA_BPFLUX          Analytical bottom passive tracers fluxes.
 ANA_BSFLUX          Analytical kinematic bottom salinity flux.
 ANA_BTFLUX          Analytical kinematic bottom temperature flux.
 ANA_CLOUD           Analytical cloud fraction.
 ANA_RAIN            Analytical rain fall rate.
 ANA_SPFLUX          Analytical surface passive tracer fluxes.
 ANA_SSFLUX          Analytical kinematic surface salinity flux.
 ASSUMED_SHAPE       Using assumed-shape arrays.
 AVERAGES            Writing out time-averaged nonlinear model fields.
 BIO_FENNEL          Fennel et al. (2006) nitrogen-based model.
 BIO_SEDIMENT        Restore fallen particulate material to the nutrient pool.
 !BOUNDARY_ALLGATHER Using mpi_allreduce in mp_boundary routine.
 BULK_FLUXES         Surface bulk fluxes parameterization.
 CARBON              Add Carbon constituents.
 !COLLECT_ALL...     Using mpi_isend/mpi_recv in mp_collect routine.
 CURVGRID            Orthogonal curvilinear grid.
 DENITRIFICATION     Add denitrification processes.
 DIAGNOSTICS_BIO     Computing and writing biological diagnostic terms.
 DJ_GRADPS           Parabolic Splines density Jacobian (Shchepetkin, 2002).
 DOUBLE_PRECISION    Double precision arithmetic.
 INLINE_2DIO         Processing 3D IO level by level to reduce memory needs.
 LMD_BKPP            KPP bottom boundary layer mixing.
 LMD_CONVEC          LMD convective mixing due to shear instability.
 LMD_MIXING          Large/McWilliams/Doney interior mixing.
 LMD_NONLOCAL        LMD convective nonlocal transport.
 LMD_RIMIX           LMD diffusivity due to shear instability.
 LMD_SKPP            KPP surface boundary layer mixing.
 LONGWAVE            Compute net longwave radiation internally.
 MASKING             Land/Sea masking.


Top
 Profile  
Reply with quote  
PostPosted: Tue Jan 02, 2018 3:10 am 
Offline

Joined: Thu May 04, 2017 1:31 pm
Posts: 20
Location: south china sea institute of oceanography
I used the old executable file OCEANG which was compiled by using the old ROMS codes before, it works.


Top
 Profile  
Reply with quote  
PostPosted: Tue Jan 02, 2018 8:03 am 
Offline

Joined: Mon Sep 25, 2006 2:37 pm
Posts: 56
Location: Institue of oceanology ,Chinese acedemy of scinece
This problem has been reported and fixed, see the following links. Update your code to the latest version and this problem will disappear.

viewtopic.php?f=19&t=4717

https://www.myroms.org/projects/src/ticket/756


Top
 Profile  
Reply with quote  
Display posts from previous:  Sort by  
Post new topic Reply to topic  [ 3 posts ] 

All times are UTC


Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 1 guest


You cannot post new topics in this forum
You cannot reply to topics in this forum
You cannot edit your posts in this forum
You cannot delete your posts in this forum
You cannot post attachments in this forum

Search for:
Jump to:  
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group